يحتوي الهيكل التنظيمي للجمعية الكويتية لحماية البيئة على عدد من اللجان والهيئات والفرق والمجموعات التي تنظم العمل داخل وخارج الجمعية وهي على النحو التالي:
1- هيئة تحرير الاصدارات
وتتولى الاشراف على اصدار سلاسل المطبوعات التالية :
– سلسلة نشرات قضايا بيئية
– سلسلة توعية بيئية
– سلسلة كتب بيئية
– سلسلة كتيبات بيئية للأطفال.
كما تختص أيضا بتعديل اللوائح والنظم الخاصة بهذه الاصدارات وتحكيمها، سواء من قبل السادة أعضاء الهيئة أو بالرجوع الى محكمين مختصين وفقاً لموضوعاتها واقرار اصدارها.
2- هيئة تحرير مجلة البيئة
تشرف هذه الهيئة على اصدار مجلة البيئة، وتعمل على توفير المعلومات والمقالات والابحاث لاستمرارية صدورها،واجراء التحقيقات الصحفية البيئية بهدف تغطية النشاطات المحلية في المجالات البيئية، لتكون المرآة التي تعكس الجهود البيئية المحلية سواء التي تضطلع بها الجمعية أو الجهات المعنية الأخرى.
3- اللجنة الثقافية
وتتولى متابعة أعمال الموسم الثقافي من ندوات ومحاضرات وحلقات نقاشية وورش عمل.
4- لجنة حماية الحياة الفطرية
وتعمل اللجنة على التوعية بخصائص الحياة الفطرية والبيئات الطبيعية في دولة الكويت، واقتراح البرامج والتشريعات الكفيلة بحمايتها واستمراريتها، وتشرف على اقامة معارض الحياة الفطرية واصدار سلسلة الكتب الخاصة بها.
5- لجنة العلاقات العامة
وتضطلع اللجنة بمشاركات الجمعية في المعارض والمناسبات البيئية المحلية المختلفة، كما تقوم بالتنسيق بين اللجان كلما دعت الضرورة.
6- اللجنة الاعلامية
ومهمتها مواكبة نشاطات اللجان والهيئات والفرق العاملة في الجمعية، ونشاطات الجمعية بصفة عامة، والعمل على نشرها في الصحف والمجلات المحلية بصورة منتظمة.
7- لجنة أصدقاء البيئة
تهتم اللجنة بالاعضاء من سن 6-17 من الشباب والنشء، وتشارك في المناسبات الشعبية الكويتية والنشاطات البيئية، وتسعى كذلك نحو زيادة التوعية بالبيئة وغرس حبها في نفوسهم.
8- لجنة حماية البيئة البرية
وتهتم اللجنة بالمحافظة على البيئة البرية ومتابعة ومراقبة النشاطات السلبية التي تتعرض لها،وذلك من خلال الزيارات الميدانية المتواصلة لها،والسعي لنقلها الى الجهات المعنية لاتخاذ اللازم.
9- اللجنة الاجتماعية
وتهتم بالمناسبات الشعبية والتراثية، ومجالات التعارف بين الأعضاء .
10- فريق التصوير البيئي الفوتوغرافي
ويهتم الفريق بتنمية الثقافة البيئية والوعي بالقضايا البيئية، ورصد الايجابيات والسلبيات في البيئة الكويتية، وتوعية السادة الأعضاء بالطرق السليمة للتصوير الفني وتبيان دوره في نشر الثقافة البيئية، لما للصورة من وقع وأثر في التعبير عن الحقيقة إذا ما أحسن التقاطها.
11- فريق رصد الوضع البيئي ومتابعة الشكاوي
ويتولى مواكبة القضايا ومتابعة شكاوي واستفسارات المواطنين بما يخص الظواهر والمشكلات البيئية على الساحة المحلية .
12- فريق رصد وحماية الطيور
فريق يضم نخبة متميزة من ذوي الاهتمام برصد وحماية الطيور المهاجرة منها والمستوطنة في الكويت وتهيئة المحميات والموائل الطبيعية المناسبة لها.
13- اللجنة الاستشارية
من مهام اللجنة إبداء الرأي العلمي في القضايا والموضوعات البيئية على الساحة المحلية، أداءاً لواجب الجمعية تجاه المجتمع المدني الذي تمثله، كما تأمل الجمعية أن تكون هذه اللجنة عوناً للجنة شؤون البيئة في كل من مجلس الأمة والمجلس البلدي لمواكبة الحدث البيئي المحلي.
14- فريق الغوص الكويتي التابع للجمعية
فريق يضم عدداً كبيراً من الشباب الكويتي حمل على عاتقه حماية البيئة البحرية عبر العديد من الوسائل والطرق.
15- المجموعة الكويتية لحماية السلاحف البحرية
فريق متخصص لحماية السلاحف البحرية ورصدها في دولة الكويت، ومن أهدافه العمل على تكاثر السلاحف وحمايتها من الانقراض.